ناتامایسین برای درمان بیماریهای قارچی از جمله کراتیت (Keratitis) تجویز می‌شود. محلول ناتامایسین ۵٪ برای درمان اکثر موارد کراتیت قارچ‌های فیلامانی (filamentary fungi) به خصوص موارد مرتیط با گونه‌های فوزاریوم (Fusarium) توصیه می‌شود.[۱] این دارو بر آسپرژیلوس (Aspergillus) و کاندیدا (Candida) نیز مؤثر است.

ناتامایسین از دسته ماکرولیدهای پلی‌ان (macrolide polyene) می‌باشد. این دارو با اتصال به ارگوسترول (Ergosterol) در دیواره قارچ، پروتیین‌های ناقل غشایی (membrane transport proteins) را مهار نموده و مانع انتقال اسید آمینه و گلوکز از ورای غشای سیتوپلاسمایی قارچ شده و موجبات مرگ قارچ را فراهم می‌سازد.